농지전용부담금 계산법과 면제 조건, 그리고 전용허가 시 발생하는 세금 차이

농지를 주택용지, 공장부지, 창고 또는 기타 비농업적 용도로 사용하려면
반드시 ‘농지전용허가’ 또는 ‘농지전용신고’ 절차를 거쳐야 합니다.
이 과정에서 필수적으로 따라붙는 것이 농지전용부담금입니다.

문제는 많은 사람들이 이 부담금을 ‘단순 수수료’ 정도로 가볍게 보고 있다가,
막상 허가 후 고액의 부담금 고지서를 받고 당황하는 경우가 많다는 점입니다.
게다가 전용 허가를 받을 경우 취득세, 양도세 등 다른 세금에도 영향을 미치게 되므로,
허가 전 반드시 계산, 감면 여부, 세금 차이까지 사전 검토가 필요합니다.

농지전용부담금 계산법

농지전용부담금은 전용하려는 면적당 단가를 기준으로 계산됩니다.
전국 공통의 기준금액은 없으며, 시·군·구 조례에 따라 차등 적용됩니다.

항목 설명

기준금액	1㎡당 약 20,000원~30,000원 사이 (지자체별 상이)
면적 기준	전용하려는 농지의 전체 면적(㎡)
계산 예시	1,000㎡ × 30,000원 = 3,000만 원 부담금

주의할 점은, 공시지가나 실거래가와 무관하게 ‘면적 기준 고정 단가’로 계산된다는 것입니다.
따라서 부지 가격과 무관하게 고정적으로 부담해야 하는 성격의 비용입니다.

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농지전용부담금 면제 조건

농지전용부담금은 모든 전용 행위에 부과되는 것은 아닙니다.
국가 또는 공익 목적의 전용, 혹은 자경농민의 자영용도 전용의 경우,
면제 또는 감면이 가능합니다.

면제·감면 대상 세부 조건

국가 및 지자체 사업	도로, 철도, 학교 등 공공시설 전용 시 전액 면제
군사시설	국방·군사 목적 전용 시 면제
영농 후계자	일정 자격 인정 시 감면 또는 면제 가능
마을 공동시설	마을회관, 창고 등 공익목적 전용 시 감면
농업기반 정비 사업	배수로·진입도로 등 농업개선 목적일 경우 면제 가능

이외에도 농지보전부담금 감면 조례가 따로 마련된 지자체도 있으므로,
해당 관할 시·군청 농지관리 부서에 사전 문의하는 것이 안전합니다.

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농지전용허가 시 발생하는 세금 차이

농지를 전용하면 부담금 외에도 취득세, 양도소득세, 종합부동산세 등
다양한 세금 구조에도 변화가 생깁니다.

세목 변화 내용

취득세	전용 후 지목 변경 시, 과세표준 재산정 및 세율 적용 가능성 있음
양도소득세	전용 이후 양도할 경우, 농지 감면 대상에서 제외 → 일반세율 적용
종합부동산세	일정 규모 이상 토지 보유 시 비사업용 토지로 분류되어 중과세 대상 가능성

즉, 농지 상태에서는 각종 감면이나 비과세 혜택이 있었지만,
전용 이후에는 일반 토지나 비사업용으로 취급되어 세금 부담이 급격히 증가할 수 있는 구조입니다.

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농지전용부담금은 단순한 행정 수수료가 아니라
수백만 원에서 수천만 원까지 부과되는 개발성 비용입니다.
전용 허가 전에 반드시 단가 확인 → 면제 대상 검토 → 세금 차이 검토까지 사전 체크가 필요합니다.
특히 허가 후 세금 부담까지 고려하지 않으면, 전용 후 후회하는 사례도 적지 않기 때문에
행정 절차뿐 아니라 세무 검토와 감면 가능성까지 종합적으로 살펴봐야 합니다.